We substituted pencils for pens.我们用铅笔来代替钢笔。

substitute表示以...代替。注意上句中substitute后的pencils不是被替换的，而是用来替换pens的。如果要明确表明用...替换...可加介词for。 substitute A for B就是用A来替换B。
例：
We substituted honey for sugar.我们用蜂蜜来代替糖。